Werner Beekman studeerde Geneeskunde aan de Erasmusuniversiteit te Rotterdam. Daarna koos hij voor de specialisatie plastisch chirurgie die hij volgde in het Academisch Ziekenhuis van de Vrije Universiteit te Amsterdam. Daarna vestigde hij zich in Ziekenhuis Hilversum, tegenwoordig bekend onder de naam de Tergooiziekenhuizen.

In 1999 promoveerde Werner Beekman op zijn onderzoek naar borstprotheses. Hij richt zich verder op esthetische en handchirurgie.

Werner Beekman is lid van de Nederlandse Vereniging voor Plastische Chirurgie, de Nederlandse Vereniging voor Aesthetische Chirurgie, de Nederlandse Vereniging voor Handchirurgie en de Nederlandse Vereniging voor Reumachirurgie.